Als Sohn eines Pastors in Schöller bei Mettmann geboren studiert Johann Friedrich Benzenberg Theologie, Mathematik, Physik und Astronomie.
1800 promoviert Benzenberg in Duisburg. 1804 gelingt es ihm, die von Kopernikus aufgestellte Theorie über die Achsendrehung der Erde endgültig zu beweisen. 1805 wird er zum Professor für Naturkunde und Astronomie in Düsseldorf berufen.
Modern denkend engagiert sich Benzenberg für den kulturellen Fortschritt. Unter dem Einfluss des Wiener Kongresses stehend arbeitet er zusammen mit Staatskanzler Hardenberg an dem Entwurf einer neuen Verfassung. Gleichzeitig erhält er den Auftrag, einen Plan zur Errichtung einer neuen rheinischen Universität auszuarbeiten, die dann 1818 in Bonn eröffnet wird.